本院下轄五部門，分別負責金龍禪寺寺務及辦理各項公益活動，目前所辦理的事務有：
- 各項法會及祭典：
時間及方式請見「公告事項」，或電洽寺務所。電話是(02)2790-2604詢問。 - 金龍寶靈塔事宜：
請於上午九時至下午四時電洽寺務所。 - 醫療研究獎助學金申請：
本院為改善國民健康，獎勵醫學研究， 與醫學研究機構合作，提供研究獎助學金，以鼓勵發展更優良的醫療技術，造福人群。請詳見「獎助學金」。 - 各項捐贈事宜：
本院定期捐贈醫療設施及相關設備予各醫療院所。請見「各項捐贈」。 - 各項服務活動及營隊活動：
本院不定期舉辦社區服務活動及各項營隊，如社區領袖營、社區服務營等。